Muğla ili, Milas ilçesi, Kapıkırı mahallesi sınırlarında yer alan Herakleia, Latmos Dağı’nın güneybatı eteklerinde, Bafa Gölü’nün kuzeydoğu kıyısında yer alan Geç Klasik-Erken Hellenistik Dönem’de kurulmuş bir Karia kentidir. Latmos ve Herakleia örneğinde olduğu gibi aynı bölgede hem eski hem yeni kente çok ender rastlanır.

Kent her ne kadar bugünkü topoğrafik yapı içerisinde göl kenarındaki bir yerleşim olarak bilinse de antik dönemde önemli bir liman kentiydi. Bu liman gemiler için son durak vazifesi görürken, Alinda, Amyzon ve Alabanda gibi kentlerin bulunduğu iç Karia’ya uzanan kara yolunun da başlangıcını oluşturmaktaydı. Geç Antik Çağ’dan itibaren Menderes Nehri’nin taşıdığı alüvyonlar, Latmos Körfezi’nin denizle bağlantısını kesmiş ve bu körfezi göle dönüştürmüştür. Herakleia eski yerleşim Latmos’un aksine düzenli kent planlaması ile Geç Klasik Dönem’de başlayan ve Hellenistik Dönem’de gelişimini tamamlayan Agora merkezli düzenli kent planlamasının tipik bir örneğidir. Liman ve kentsel mekanların doğrudan ilişkisi bulunmasa da son derece zorlu topoğrafik yapıya karşı bu sistemin uygulandığı en önemli merkezlerdendir.

Kentin kurulduğu dönem ve kurucusuna yönelik farklı görüşler vardır. Bazı araştırmacılar kentin Hekatomnid Hanedanlığı zamanında kurulduğunu düşünürken, bazı araştırmacılar da kentin isminden hareketle bu süreci Büyük İskender ile ilişkilendirirler. En yaygın görüş ise bir dönem bölgenin hakimiyetini elinde bulunduran Pleistarkhos tarafından kentin kurulduğu yönündedir. Bu görüşe göre MÖ 300 civarında olasılıkla Büyük İskender’in imparatorluğunun bölünmesi sırasında Karia’nın bir bölümünün yönetimini elde eden Makedon komutan Pleistarkhos, Latmos ve Pidasa kentlerinde yaşayan halkı kendisinin kurduğu Latmos kentinden sadece birkaç yüz metre batıdaki Herakleia kentine yerleştirmiştir. Plesitarkhos’un ölümünden sonra kent Seleukoslar ve Ptolemaioslar arasında birkaç kez el değiştirir. MÖ 190 yılında Spylos’taki Magnesia’da Romalıların Antiokhos’u yenmesi üzerine Herakleia bağımsızlığına kavuşur. Bu durum MÖ 2. yüzyılda ekonomik bir gelişimi de beraberinde getirir. Kentteki tiyatro, agora, bouleuterion ve gymnasion gibi pek çok anıtsal yapı bu dönemde inşa edilmiştir. MÖ 129 yılında Karia Roma’ya bağlı Asya Eyaletinin bir parçası olunca Herakleia bağımsızlığını yitirir. Bunu takip eden süreçte kent önemini yitirir. Roma İmparatorluk Çağı’nda hamam ve su yapısı gibi az sayıda yapı dışında imar faaliyeti neredeyse yoktur. Roma İmparatorluk Çağı’ndaki neredeyse durma noktasına gelen imar faaliyetleri nedeniyle kent Hellenistik Dönemdeki biçimini korumuştur.

Orta Çağ kaynaklarında özellikle Latros olarak geçen Latmos Dağı’ndaki yerleşimin başlangıcı üzerine Paulos’un yaşam öyküsü (Paulos Vita) bazı bilgiler sunmaktadır. Buna göre bölgeye ilk önce MS 7. yüzyılda Arap Yarımadası’ndan gelen keşişler yerleşmişlerdir. Aynı kaynak, MS 10. yüzyılda hala etkinliği süren manastırlardan bahseder. Bu manastırlar, Latmos Dağı’ndaki en etkileyici yapılardandır. Bunların yaklaşık bir düzine kadarı bilinmektedir. Ancak geniş bir alana yayılan küçük yapı gruplarının da manastır olarak görülüp görülemeyeceği, yapılacak olan detaylı çalışmalar ile kesinlik kazanacaktır. Latmos, Bizans Dönemi’nde Anadolu’nun en zengin ve en önemli yerlerinden biridir.

Erken Hristiyanlık Dönemi’nde Herakleia antik kentinde yaşamın devam ettiği ve kentte bir metropolithanenin bulunduğu yazılı kaynaklarda belirtilmektedir. İlk olarak MS 431 yılında, üçüncü Ephesos Ekümenik Konsili’nde Aphthonetos adında biri (Herakleia) metropolitan temsilcisi olarak anılır. Paulos’un yaşam öyküsünde de (Paulos Vita) başka bir Herakleia piskoposuna değinilmektedir. Bu bilgiler, Herakleia’da bir Hristiyan cemaatinin, büyükçe bir kilisenin ve ruhani önderin oturduğu büyük bir yapının bulunması gerektiğini göstermektedir. Kent içinde Geç Antik Dönem’e ait yapı kalıntıları oldukça azdır. MS 14. yüzyıl başlarında bölgenin Türk hakimiyetine geçmesiyle birlikte kent tamamen terk edilmiştir. Herakleia’ya 18. yüzyılda Türk aileler yerleşmiş ve Liman Kapısı’ndan dolayı buraya “Kapıkırı” adını vermişlerdir.

Herakleia kenti ilk kez Richard Chandler’ın 1764-65 yıllarında Dilettanti Cemiyeti adına gerçekleştirdiği seyahatler sırasında keşfedilmiştir. R. Candler her ne kadar kalıntıların bulunduğu alanı Myus olarak ifade etmişse de keşfettiği yer Herakleia’dır. Bölgedeki ilk bilimsel çalışmalar ise 20. yüzyılın başlarında Theodor Wiegand tarafından gerçekleştirilmiştir. Daha çok Bizans yapılarına yönelik gerçekleştirilen bu çalışmalar 1913 yılında yayınlanmıştır. 1922 yılında Fritz Krischen Herakleia kent surları üzerine gerçekleştirdiği doktora çalışmasını, 1941 yılında ise Karl Wulzinger Herakleia’nın bouleuterionu üzerine yazdığı makaleyi yayınlamıştır. Uzun bir aranın ardından 1974 yılında Anneliese Peschlow-Bindokat tarafından bölgede kapsamlı yüzey araştırmaları başlamıştır. Bu çalışmalar zaman zaman kesintiye uğramakla birlikte 2009 yılına kadar devam etmiştir. 2010 ve 2011 yıllarında çalışmalar Richard Posamentır başkanlığında devam etmiş ve 2011 yılından sonra bölgede herhangi bir çalışma gerçekleşmemiştir. Araştırma tarihçesinden de anlaşılacağı üzere kentteki çalışmalar yüzey araştırmaları ile sınırlı kalmış herhangi bir sistematik kazı çalışması yapılmamıştır.

2021 yılında Muğla Valisi Sayın Orhan Tavlı’nın bölgeye yapmış olduğu ziyaretlerin ardından kentte, korumaya yönelik kazı ve konservasyon çalışmaları yapılması için yaptığı girişimlerin ardından Kültür ve Turizm Bakanlığı, Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü’nün verdiği izinler kapsamında Herakleia’da çalışmalara başlanmıştır. Bu kapsamda kentin geneline yayınlan bitki temizliğinin ardından Muğla Valiliği, Muğla Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığı tarafından desteklenen Endymion Kutsal Alanı ve Göl Kalesi’ndeki iki farklı proje ile Milas Müze Müdürlüğü başkanlığında Selçuk Üniversitesi Arkeoloji Bölümü Öğretim Üyesi Zeliha Gider Büyüközer’in bilimsel sorumluluğunda çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Söz konusu çalışmalar 12 Ağustos 2021 tarihinde başlamış olup, 31 Aralık 2021 tarihine kadar devam etmiştir.